Os irmãos em cristo devem entrar na Justiça Comum contra outro irmão ou contra a Igreja?

queres dizer... juizado especial ou justiça comum?
depende do valor da causa, acima de 40 salários mínimos, na justiça federal o foro competente para julgamento é o juizado especial cível.

brincadeira;

Sugiro o juízo arbitral (Evangelho segundo Mateus 5, 25), como Jesus o recomenda e mesmo paulo o põe como alternativa para a resolução de conflitos entre entes da mesma instituição religiosa, a igreja, já instituída na época que paulo escreveu a carta (confira a 1a carta aos corintios 6, 1ss). é o que tenho a contribuir a esta questão, abraços meu amigo.