A IPM teve início no dia 28 de janeiro de 1951. Na época, ela era uma Congregação do Zumbi, na Rua Visconde de Uruguay, 263, fundada pela Igreja da Boa Vista, tendo à frente o Rev. Jerônimo Gueiros. Presentes à Assembléia de Organização o Rev. Julião Ferreira da Silva, o Rev. Diniz Prado de Azambuja Neto e os presbíteros Adolfo Ramalho, Severino Barbosa e Francisco Mota. além do missionário William Neville e o Coral da Igreja-mãe.

          A assembléia contou com a presença de 29 membros, que foram arrolados imediatamente como membros fundadores. Proclamada a organização da nova Igreja, foram eleitos para presbíteros João Fausto Botelho e Caetano da Costa Ramos e, para diáconos, Ivo Fernandes Guerra e Abílio Honorato dos Santos e empossado ao primeiro Pastor, o Rev. Elias Bezerra da Silva Pereira. Estava assim organizada a Igreja Presbiteriana da Madalena, hoje com mais de 50 anos de história.

          Ao longo dos seus anos, a Madalena teve os seguintes pastores efetivos. O primeiro foi o Rev. Elias Bezerra, responsável pelas primeiras medidas de estruturação da nova comunidade, pela aquisição do terreno na Rua Real da Torre e construção do atual templo (excetuada a torre). O lançamento da pedra fundamental do novo templo foi realizado em culto solene e festivo no dia 15 de novembro de 1951, já com 10 milheiros de tijolos e 10 caminhões de pedras blindadas, no local.

           O Rev. Elias permaneceu à frente da Igreja até o dia 25 de janeiro de 1956, quando renunciou ao pastorado. Foi substituído interinamente pelo Rev. Diniz Azambuja, na condição de Pastor Evangelista designado pelo Presbitério, que dirigiu a Igreja por sete meses (de maio a dezembro do mesmo ano), sendo substituído pelo Rev. Samuel Falcão, na mesma condição.

           No dia 29 de junho de 1957, foi ordenado e empossado como Pastor Efetivo o Rev. Orlando Lopes de Morais, que terminava os seus estudos no Seminário Presbiteriano do Norte.